Os seus estudos conferiram-lhe um lugar de relevo no avanço científico do seu tempo.
A partir do século XV desenvolveu-se um desejo insaciável de saber a verdade, satisfazer a curiosidade, explicar as contradições e insuficiências do saber antigo. Defendia-se a ideia de que todo o conhecimento tinha que ser confirmado pela razão e pela experiência. Esta atitude racionalista estaria na génese do pensamento científico.

Em todo o processo de crítica ao saber tradicional e de procura de um conhecimento alicerçado na experiência, o matemático Pedro Nunes desempenhou um papel importante dando um contributo decisivo para o avanço do conhecimento.

Nasceu em 1502 em Alcácer do Sal, de ascendência judaica.

Seguiu os cursos de Filosofia e Matemática na Universidade de Lisboa, onde também foi encarregado da regência da cadeira de Filosofia Moral, Lógica e mais tarde Matemática. Esteve algum tempo na Universidade de Salamanca, não se sabendo ao certo em que situação: aluno, professor ou simplesmente ouvinte.

Em 1529 D. João III nomeia-o cosmógrafo, passando a cosmógrafo-mor do reino em 1547.

Após a transferência definitiva da Universidade para Coimbra, Pedro Nunes foi nomeado professor dessa escola onde ensinou até 1562, ano da sua jubilação. Sabe-se, no entanto, que os seus cursos eram muitas vezes interrompidos por ser chamado a Lisboa pelo rei, para se ocupar de problemas técnicos da náutica.

Profundo conhecedor dos tratados gregos e medievais sobre geometria e matemática, e como cosmógrafo, trabalhou com pilotos e navegadores portugueses que na altura sulcavam os mares. Criticou os mitos, as crenças e as forças misteriosas como causas dos fenómenos naturais.

Foi autor de várias obras, sendo a mais conhecida o Tratado da Esfera.

Inventou o nónio, instrumento de matemática para medir com máxima exactidão as fracções de uma divisão numa escala graduada, ou "uma peça acessória - graduada em graus, minutos e segundos - que Pedro Nunes pensou juntar à linha do astrolábio náutico com o fim de medir fracções do grau e que, no seu dizer, se destinava" às observações dos astros e com a qual se possam determinar rigorosamente as respectivas alturas "- Proposição III da segunda parte do De Crepusculis".

Veio a falecer em Coimbra, a 11 de Agosto de 1578, uma semana após o desastre de Alcácer-Quibir.